机动车故障灯亮的原因有以下几种：尾气排放不达标、发动机系统操作不良、变速箱系统故障等。

其中，尾气排放不达标是导致发动机故障灯亮起的主要原因之一，可能由于燃油不良、三元催化器故障、进气管积碳过多、喷油嘴堵塞、氧传感器故障、发动机偶尔熄火等原因引起。而发动机系统操作不良也可能导致故障灯亮起，如油门踏板传感器、油门位置传感器、空气流量计、曲轴位置传感器等出现故障，或线路接触不良等。此外，一些车辆的变速箱系统故障也可能由发动机故障灯指示，如变速箱内部故障、打滑、温度过高等。因此，当机动车故障灯亮起时，需要及时检查并排除故障，以确保行车安全。

具体来说，尾气排放不达标可能是由于燃油质量不良导致的，因为不良的燃油会影响发动机的正常运转，从而导致故障灯亮起。此外，三元催化器故障、进气管积碳过多、喷油嘴堵塞、氧传感器故障、发动机偶尔熄火等也可能引起发动机故障灯亮起。因此，及时检查和维护发动机系统是确保车辆正常运行的关键。

除了发动机系统操作不良，油门踏板传感器、油门位置传感器、空气流量计、曲轴位置传感器等也可能出现故障，导致发动机故障灯亮起。同时，线路接触不良也可能是导致故障灯亮起的原因之一。因此，定期检查和维护这些传感器和线路也是保证车辆正常运行的重要措施。

此外，一些车辆的变速箱系统故障也可能由发动机故障灯指示，如变速箱内部故障、打滑、温度过高等。因此，当发现发动机故障灯亮起时，还需要检查变速箱系统是否存在问题。及时排除故障，确保车辆的安全运行。