摩托车链条机与顶杆机在配气系统上存在显著差异。顶杆机采用下置凸轮轴，通过气门顶杆来控制气门的开闭。而链条机则采用顶置凸轮轴，通过正时链条连接曲轴，进而控制凸轮轴和摇臂来驱动气门。因此，链条机在噪音、震动、加速性能和环保方面通常优于顶杆机。

然而，顶杆机的设计也存在一些不足。例如，凸轮轴的运动需要通过额外的机构（如推杆）传递给发动机的进排气门机构，这增加了结构的复杂性。此外，由于凸轮轴位于曲轴箱内，维修起来相对不便，调整正时甚至需要拆卸整个发动机。

为了改进这些缺陷，一种常见的做法是将凸轮轴放置在发动机顶部，与进气门和排气门共同组成一个完整的配气机构。这样做的好处是简化了结构，但由于凸轮轴与曲轴之间的距离增加，简单的齿轮啮合变得不再适用。因此，需要使用链条或皮带来进行传动。

链条传动的主要优点是传动精度高。由于凸轮轴的角度和进排气门的开闭是严格根据曲轴的角度来定义的，因此必须精确控制它们之间的角度关系。链条能够满足这一要求，并且使用寿命较长，不需要频繁更换。

尽管皮带传动也能提供一定的传动精度，但皮带在使用一段时间后会因为张紧而伸长，因此需要定期更换。不过，皮带传动的噪音较小，制造成本也相对较低。因此，在选择链条机还是皮带机时，需要根据具体需求和偏好进行权衡。