燃料方面、氮氧化物方面、监管方面、排放标准方面、标识不同、车的价格差异、车辆报废时限的差异、道路通行权与通行限制的区别、汽车残值的差异。

在燃料方面，国六阶段采用燃料中性原则，即无论采用哪种燃料，排放限值都相同。而国五阶段，柴油机车型和汽油机车型的排放标准各不相同。

在氮氧化物方面，国六比国五减少了77%。此外，颗粒物方面，国六比国五减少了67%。国六还引入了颗粒数量限值要求，并加严了排放控制装置耐久性、车载诊断系统（OBD)的相关要求。

在监管方面，国六的合规监管要求比国五更严格，包括型式检验和信息公开、生产一致性检查、新生产车检查、在用车符合性检查等，并简化了达标判定方法。

在排放标准方面，国六a阶段的排放标准基本与国五相同，取国五排放要求中的最严值。例如，国五要求汽油车的一氧化碳排放量不能超过1g/km，柴油车则不能超过0.5g/km，而在国六a中两种车型的一氧化碳排放量均不得超过0.5/km。

汽车国五和国六的标识不同。国五排放标准的标识是V，而国六排放标准的标识是Ⅵ。

在价格方面，相比国V的车，国VI的车装载了很多东西。此外，汽车厂商也有整车申报公告的各种测试和调试带来的额外成本，这将导致国VI的汽车价格远高于国V。

在车辆报废时限的差异方面，比如2019年1月买的国五车和国六车虽然驾照是15年，但实际使用肯定不一样。随着越来越多的城市禁止许多旧车，这相当于实际报废。所以是同一年，但是时间限制会不同。

在道路通行权与通行限制方面，许多地方政策会禁止排放标准低的车辆，甚至一些排放标准太老的车辆直接被禁止上路，导致车辆无法通行或者被限制在通行区域内。

在汽车残值的差异方面，部分地区因报废时限、道路通行权限制、道路通行限制等导致的同等条件、不同排放的车辆残值也会有较大差异，排放标准过低的车辆将更难销售。