机动车闯红灯扣分的处理方式如下：

根据相关法规，机动车驾驶员闯红灯一次将被罚款200元，扣6分。如果需要消除扣分，必须到交警队违处大厅办理相关手续。具体流程如下：

1. 携带身份证、驾驶证、行驶证到违处大厅。

2. 将证件交给工作人员，他们会调出你的闯红灯记录，让你确认照片中的违法车辆是否是你的。确认后，他们会给你打印处罚决定书。

3. 持处罚决定书到指定银行交罚款。交完罚款后，你的闯红灯记录将被消除。

需要注意的是，这个处罚单必须在15日内交完罚款。如果超过15天未交，每天将被收取3%的滞纳金，但滞纳金的总额不能超过罚款的总额。

以下是红灯停车时出现的三种情况：

1. 前轮过线刹停

当红灯时，如果你的前轮已经过了停止线，只要能及时踩住刹车，电子眼只会拍一张照片，不会判定为闯红灯。但如果车子过线后还有明显的位置移动，可能会被处罚。

2. 整车越线停止

如果车子整个车身都越过了停止线，但仍然停在那里不动，虽然不会被判定为闯红灯，但可能会被处罚。

3. 红灯越线后倒车

有些驾驶员发现车子已经越线后，会尝试倒车回到路口。但是，如果车已经越过停止线，千万不要倒车，否则会被判定为闯红灯。

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，将被处以警告或者20元以上200元以下的罚款。而根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的违法行为将被记6分。