摩托车改色没有备案被查到会罚款200元，不扣分。

根据《机动车登记规定》第五十六条，如果改变车身颜色未按规定办理变更登记，将由公安机关交通管理部门处警告或者罚款，并可以扣押车辆，改回原来车身的颜色。

根据《道路交通安全法》第六条规定，汽车申请变更机动车车身颜色需要提交下列资料：《机动车变更登记申请表》；

机动车所有人和代理人身份证明原件和复印件；机动车登记证书原件；机动车行驶证原件；在改变车辆颜色之前缴纳罚款。

根据《道路交通安全法》的第二章第六条规定，如果机动车颜色变化面积不超过百分之30，不需要去进行变更登记。

反之，如果超过30%，就需要备案存档，并且在车辆改色后10日内进行登记。

在机动车准备换色之前，需要到车辆注册登记的车辆管理所咨询，本区域是否允许机动车辆使用贴膜的方式改变车辆颜色。

如果地区不支持这种方式，在改色后是无法办理备案手续的，只能够将车膜全部撕下，恢复车辆原有颜色。

另外根据《机动车登记规定》第十条规定，允许车主不必再事先向车辆管理所申请，可以先更换车辆颜色、装了大包围、更换发动机等等之后，再向车辆管理所申请变更登记。

根据第十条，已注册登记的机动车有下列情形之一的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请变更登记：

改变车身颜色的。

更换发动机的。

更换车身或者车架。

因质量问题更换整车的。

营运机动车改为非营运机动车或者非营运机动车改为营运机动车等使用性质改变的。

机动车所有人的住所迁出或者迁入车辆管理所管辖区域的。

除此之外，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十五条，警车、消防车、救护车、工程救险车应当按照规定喷涂标志图案，安装警报器、标志灯具。

其他机动车不得喷涂、安装、使用上述车辆专用的或者与其相类似的标志图案、警报器或者标志灯具。