机动车统一发票是可以进行抵扣的。对于增值税一般纳税人来说,如果他们购买的运输车辆是用于经营的,那么这些车辆的进项税额就在可抵扣的范围之内。他们可以通过持有机动车销售统一发票进行认证,一旦认证通过,就可以抵扣相应的进项税额。
根据《国家税务总局关于推行机动车销售统一发票税控系统有关工作的紧急通知》(国税发[2008]117号)的规定,自2009年1月1日起,所有增值税一般纳税人在进行机动车(应征消费税的机动车和旧机动车除外)零售业务时,都必须使用税控系统来开具机动车销售统一发票。此外,如果增值税一般纳税人购买的机动车取得的发票是税控系统开具的机动车销售统一发票,并且这些发票属于扣税范围,那么他们应该在发票开具之日起的90日内,到税务机关进行认证。一旦认证通过,这些发票就可以作为增值税进项税额的扣税凭证。