进京证违章会有罚款和扣分的处罚。以下是关于进京证的处罚：

1、没有进京证的处罚：认定为“机动车违反禁令标志指示”的违法行为，罚款100元，记3分。

2、有进京证的处罚：已办理进京通行证件的外省、区、市载客汽车，工作日7时—9时、17时—20时在五环路(含)以内道路行驶的车辆，认定为“机动车违反禁令标志指示”的违法行为，处100元罚款处罚，并记3分；平峰期间违反尾号限行规定的车辆，认定为“违反限制通行规定”的违法行为，处100元罚款处罚。已办理进京通行证件的外省、区、市载货汽车，6时至24时在六环路(不含)以内道路行驶的车辆，认定为“机动车违反禁令标志指示”的违法行为，处100元罚款处罚，并记3分。

进京证的有效期是7天，进入北京市六环路(不含)以内行驶的外埠车辆，以及前往昌平、怀柔、延庆、大兴部分区域行驶的外埠车辆，需办理进京通行证。每辆车每年最多办理进京通行证12次，每次办理的进京通行证有效期最长为7天。在进京证使用5天后的3日内(即在进京证有效期的第6、第7或是过期后的办理延期手续，除了这3天之外，都是不能提前或者推后办理延期手续的)，可能到北京市9个交通支队办证窗口办理一次为期5天的延期手续。只需要持旧证换发新证，即两次办证的有效期累计是12天。

如果以上都没有，您可以搜集证据，提出复议。去交通局了解此事。